San Juan esta ubicado dentro Distrito de Riego llamado Valle de San Juan, que se divide en dos zonas de riego: San Juan y Las Matas de Farfán. Es el segundo Distrito de Riego a nivel nacional, superado solo por el vecino distrito Yaque del Sur.
 
La Provincia San Juan posee dos cuencas hidrograficas. Las mas importantes son la Yaque del Sur, y la del rio San Juan que desciende de la Cordillera Central. Algunos de sus principales afluentes son los rios Mijo y Bao. Los rios de esta cuenca irrigan principalmente las tierras del Valle de San Juan, haciendo un recorrido hacia el Sur. La otra cuenca que irriga la provincia es la de los rios Macasia y el Artibonito. Esta cuenca se desplaza en dirección Este.
 
Dentro de la Provincia existen 2 Hidroelectricas(Presas), que aprovechan los caudales de los rios San Juan y Yaque del Sur estas son las Presas de Sabaneta y Palomino.